Studi Asosiasi Seluruh Genom untuk Sifat Agronomis dan Kualitas Utama pada Kentang (Solanum tuberosum L.)

Kentang (Solanum tuberosum L.) merupakan tanaman pangan pokok yang penting secara global, dan menguraikan mekanisme genetik yang mendasari sifat agronomis dan kualitas utamanya sangat penting untuk memajukan perbaikan varietas. Namun, ketidakstabilan fenotipe pada generasi klonal awal dan depresi inbreeding, ditambah dengan kompleksitas pewarisan tetrasomik, menimbulkan tantangan signifikan dalam membangun populasi pemetaan untuk pembedahan genetik sifat kompleks. Studi asosiasi seluruh genom (GWAS) menawarkan metode efisien untuk membangun asosiasi sifat–genom dengan menganalisis peristiwa rekombinasi dan mutasi genetik pada populasi alami. Tinjauan ini secara sistematis mengkaji penerapan GWAS dalam mengidentifikasi sifat agronomis pada kentang, seperti arsitektur tanaman, komponen hasil, bentuk umbi, serta ketahanan terhadap hawar daun awal dan akhir dan nematoda, juga sifat kualitas termasuk kandungan bahan kering, pati, dan glikoalkaloid.

Tinjauan ini menyintesis temuan dari berbagai GWAS yang dilakukan pada kentang. GWAS memanfaatkan populasi alami untuk mendeteksi asosiasi antara penanda genetik dan sifat, sehingga tidak memerlukan persilangan terkendali yang sulit dilakukan pada spesies autotetraploid. Metodologinya meliputi genotiping berbagai aksesi kentang, fenotiping untuk sifat target, dan penerapan model statistik untuk mengidentifikasi asosiasi penanda-sifat yang signifikan. Pertimbangan utama mencakup struktur populasi, kekerabatan, dan sifat poliploid kentang, yang menyulitkan ketidakseimbangan tautan dan estimasi dosis alel. Tinjauan ini membahas berbagai pendekatan GWAS dan adaptasinya untuk pewarisan tetrasomik, memberikan kerangka kerja untuk lokalisasi lokus genetik secara presisi.