Editorial Ilmu Komputer & AI
Open AccessOA2022
CARD 2023: kurasi yang diperluas, dukungan untuk machine learning, dan prediksi resistome di Comprehensive Antibiotic Resistance Database
CARD 2023 memperkenalkan kurasi yang diperluas, dukungan machine learning, dan prediksi resistome yang lebih baik, dengan 6627 istilah ontologi, 5010 sekuens referensi, dan 5057 model deteksi AMR. Fitur baru mencakup CARD:Live dan CARD Short Names yang terstandardisasi untuk ARG.
Brian P. Alcock; W. Huynh; Romeo Chalil; Keaton W. Smith; A. Raphenya; Mateusz A. Wlodarski; Arman Edalatmand; Aaron J. Petkau; S. Syed; Kara K. Tsang; Sheridan J. C. Baker; Mugdha Dave; Madeline C. McCarthy; Karyn M. Mukiri; Jalees A. Nasir; Bahar Golbon; Hamna Imtiaz; Xingjian Jiang; Komal Kaur; Megan Kwong; Zi-Cheng Liang; Ke Niu; Prabakar Shan; Jasmine Y. J. Yang; Kristen L. Gray; Gemma Hoad; Baofeng Jia; Timsy Bhando; L. Carfrae; Maya A. Farha; S. French; R. Gordzevich; K. Rachwalski; Megan M. Tu; E. Bordeleau; Damion M. Dooley; E. Griffiths; Haley L. Zubyk; E. Brown; F. Maguire; R. Beiko; W. Hsiao; F. Brinkman; G. Van Domselaar; A. McArthurยท Nucleic Acids Res.ยท 2022ยท DOI 10.1093/nar/gkac920
Masalah inti
Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD) adalah sumber daya yang banyak digunakan untuk penelitian resistensi antibiotik. Database ini mengintegrasikan Antibiotic Resistance Ontology (ARO) dengan sekuens gen AMR dan mutasi yang telah dikurasi untuk menyediakan kerangka kerja bagi analisis resistome. Pembaruan 2023 (versi 3.2.4) membawa perluasan signifikan dan fitur baru untuk mendukung kebutuhan komunitas penelitian yang terus berkembang, termasuk aplikasi machine learning dan kemampuan prediksi yang ditingkatkan.
Inovasi
CARD 2023 mencakup upaya kurasi yang diperluas dengan fokus pada ฮฒ-laktamase, mutasi AMR berbasis likelihood untuk *Mycobacterium tuberculosis*, disinfektan dan antiseptik, serta agen pengubah resistensi. Database ini kini mencakup 6627 istilah ontologi, 5010 sekuens referensi, 1933 mutasi, 3004 publikasi, dan 5057 model deteksi AMR. Perangkat lunak Resistance Gene Identifier (RGI) memanfaatkan model-model ini untuk menganotasi sekuens genomik dan metagenomik. Hubungan ontologis baru, `evolutionary_variant_of` dan `is_small_molecule_inhibitor`, telah ditambahkan untuk meningkatkan ekspresivitas ontologi. Proses kurasi melibatkan tinjauan literatur secara manual dan integrasi data dari berbagai sumber, memastikan anotasi berkualitas tinggi.
Pendahuluan
Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD) adalah sumber daya yang banyak digunakan untuk penelitian resistensi antibiotik. Database ini mengintegrasikan Antibiotic Resistance Ontology (ARO) dengan sekuens gen AMR dan mutasi yang telah dikurasi untuk menyediakan kerangka kerja bagi analisis resistome. Pembaruan 2023 (versi 3.2.4) membawa perluasan signifikan dan fitur baru untuk mendukung kebutuhan komunitas penelitian yang terus berkembang, termasuk aplikasi machine learning dan kemampuan prediksi yang ditingkatkan.
Mengapa penting
Pembaruan 2023 pada CARD secara signifikan meningkatkan kegunaannya untuk penelitian resistensi antibiotik. Penyertaan dukungan machine learning melalui short names terstandardisasi dan kumpulan data yang diperluas memungkinkan pemodelan prediktif yang lebih kuat. Penambahan disinfektan dan antiseptik menjangkau lebih banyak agen antimikroba, sementara fokus pada mutasi *M. tuberculosis* memberikan wawasan penting untuk pengobatan tuberkulosis. Platform CARD:Live mendorong keterlibatan komunitas dan berbagi data secara real-time. Perkembangan ini menempatkan CARD sebagai alat penting untuk memahami dan memerangi resistensi antibiotik. Arah ke depan dapat mencakup integrasi lebih lanjut algoritma machine learning dan perluasan ke patogen serta mekanisme resistensi lainnya.
Siapa yang sebaiknya membaca
Pembaca Research Digest dan praktisi rumpun ini.
Membuka konten memberโฆ